Основной целью деятельности Учреждения является реализация единой государственной политики в области обеспечения качества и безопасности продукции агропромышленного комплекса.

Испытательные лаборатории ФГБУ «ЦОК АПК» аккредитованы на проведение широкого спектра исследований и оказывают услуги в следующих областях:

• качество и безопасность зерна, круп, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна;
• карантина и защиты растений;
• безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами;
• семеноводства;
• обеспечения плодородия почв и обращения побочных продуктов животноводства (ППЖ);
• исследований всех видов мяса и мясной продукции, молока и молочной продукции, птицы и продукции из мяса птицы, яйца и продукции яйцепереработки, мёда и продукции пчеловодства, рыбы и рыбной продукции, аквакультуры;
• определения возбудителей инфекционных заболеваний, специфических антител к возбудителям инфекций;
• проведения экспертной, методической, аналитической и исследовательской работы.